我国对现役军人(包括军内在编职工)犯罪的，首先是按照刑法分则的有关规定予以处罚。刑法分则中没有列入的军人违反职责罪的定罪处刑，则按照《中华人民共和国惩治军人违反职责罪暂行条例》处理。这一条例的性质属于单行刑事法规，是刑法的补充。这个条例的任务，是用刑罚的方法，同一切违反军人职责的犯罪行为作斗争，巩固部队战斗力，以保障我军战时作战的胜利和平时实现现代化革命军队建设的顺利进行。
这个条例规定要处罚的罪行共十九条，主要有：违反武器装备使用规定引起重大责任事故；泄露重要军事机密；擅离或玩忽职守；逃离部队情节严重的；偷越或私放他人偷越国(边)境；虐待部属；阻碍指挥人员执行职务；盗窃武器或军用物资；破坏武器装备或军事设施；战时有意自伤身体逃避军事义务；造谣惑众，动摇军心；战场上故意遗弃伤员；畏惧战斗，临阵脱逃；战斗中违抗命令、谎报军情或假传军令；战场上贪生怕死，自动投降敌人；在军事行动地区掠夺或残害无辜居民，以及虐待俘虏情节恶劣等违反军职的犯罪行为。对于这些罪行的处理，条例依照惩办与宽大相结合的原则，把那些对国防能力和军事利益危害较大的犯罪行为，作为惩办的重点。由于军人犯罪，在特定情况下危害很严重，所以还根据军人违反职责罪的特点，规定了军人战时犯罪的，延罚严于平时，军人与其他公民犯同类罪的，处罚严于其他公民的原则。由于我军一贯强调有力的政治思想工作，对极少数犯罪分子的惩办，只是治军的一种辅助手段。所以条例除体现了从严惩办的一面以外，还充分体现了宽大的一面，以利于化消极因素为积极因素。例如条例规定，在战时，对被判三年以下徒刑、没有现实危险、宣告缓刑的犯罪军人，允许其戴罪立功，确有立功表现的，可以撤销原判，不以犯罪论处。此外，条例还规定，对于危害重大的犯罪军人，可以附加剥夺勛章、奖章和荣誉称号。
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